很多商家小程序就是微信商城，有了微信商城，小程序也就没必要了，这种理解当然是错误的，小程序和微信商城之间区别还是很明显的。小程序和微信商城之间差别有如下几个方面：
展示入口不同：微商城由第三方开发，如大优掌门等，然后绑定在微信公众号上，运管较成熟微信商城和小程序，功能齐全，可以满足品牌展示、卖货、代理招募、活动推广、吸粉等商家基本需求。
小程序，在[发现]—[小程序]里搜索附近的小程序(逐渐增加卡券等入口)，也由第三方开发，因为较新，各家开发能力和功能不同。功能差异微信商城和小程序，就目前来说，微商城功能完善，比如大优掌门除了微商城展示、卖货功能，会附加很多营销小工具，以及代理管理系统等。小程序功能有限，主要起到地图引导和卖货的功能，其他功能待开发。
使用场景不同：微商城意图吸引粉丝，留住粉丝，培养忠诚客户。小程序，用完即走，方便消费者，但对于商户而言较难留客。
使用者差异：小程序以线下实体商家为主，电商为辅。微商城以企业和电商为主。
微信商城要比微信小程序商城出现的时间久一些，相对来说体系更加成熟，在和其他的系统或者是平台对接方面可以体现自己的优势，企业在运行微信商城的过程中，只需要不断的优化功能即可。
微信小程序商城的功能非常的强大，开发平台可以根据企业的要求开发出相应的功能，目前主要的功能包括产品管理、会员系统、营销系统、财务系统等，微信小程序商城开发的个性化比较强，商家可以根据自己的需求来定制不同的小程序，从而可以满足各行各业的需
微信商城的层级较多，以基于微信认证服务号开发的商城为例，需要用户关注服务号，点击自定义菜单，进入对应页面至少三步操作。如果是这种订阅号加外链商城的方式，则后期使用至少需要四步操作，即打开订阅号折叠栏，打开对应订阅号，点击自定义菜单，进入对应页面。从上述描述，可以看到用户打开商城的操作步骤比较繁琐。
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